او که فارغ‌التحصیل رشته پزشکی از مصر است به عضویت گروه حرکت جهاد اسلامی مصر درآمد. ایمن الظواهری همچنین، نفر دوم سازمان القاعده است.
الظواهری پس از ترور انور سادات، رئیس جمهور مصر، در یک عملیات پلیسی در مصر دستگیر و محاکمه شد و چون مسلط به زبان انگلیسی بود به عنوان سخنگوی زندانیان جهاد اسلامی مصر انتخاب شد.
الظواهری پس از آزادی از زندان، از مصر به افغانستان رفت و در آنجا با اسامه بن لادن آشنا شد و در همانجا بود که شبکه القاعده پایه ریزی شد.
او به عنوان نفر دوم شبکه القاعده همچون اسامه بن لادن در ارتباط با حملات تروریستی از جمله بمب گذاری‌های ۷ اوت سال ۱۹۹۸ در سفارتخانه‌های آمریکا در دارالسلام تانزانیا و نایروبی کنیا، حمله به کشتی جنگی یو اس اس کول، حملهٔ تروریستی ۱۱ سپتامبر سال ۲۰۰۱ به مرکز تجارت جهانی و پنتاگُون و... تحت تعقیب بین‌المللی است.
مرگ
وی در سن ۷۱ سالگی در کابل افغانستان در حمله هوایی پهپادی آمریکا در ساعت ۹:۴۸ دقیقه شب به وقت محلی روز شنبه ۳۰ ژوئیه ۲۰۲۲ کشته شد. بعد از انتشار گزارش‌هایی درباره کشته‌شدن «أیمن الظواهری» سرکرده سازمان تروریستی القاعده در حمله پهپادی آمریکا به کابل، روزنامه «نیویورک تایمز» بامداد سه شنبه جزئیات بیشتری از این حمله منتشر کرد.
نیویورک تایمز به نقل از مقامات فعلی و سابق دولت آمریکا نوشت: «ایالات متحده در یک حمله با هواپیمای بدون سرنشین، سرکرده القاعده و طراح اصلی حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ را در افغانستان کشت».
این منابع به این روزنامه گفتند: «ایمن الظواهری در حمله کابل کشته شد که اولین حمله در افغانستان از زمان خروج نیروهای آمریکایی در سال گذشته و یک پیروزی تبلیغاتی بزرگ برای تلاش‌های دولت بایدن در مبارزه با تروریسم است».
آخرین بروزرسانی سه‌شنبه ۱۱ مرداد ۱۴۰۱
